คณะวิทยาศาสตร์ได้จัดตั้งกองทุนย่อยต่าง ๆ ขึ้นในคณะเป็นการภายใน เนื่องในโอกาสต่าง ๆ ต่อมามหาวิทยาลัยฯ ได้ออกระเบียบการจัดตั้งกองทุนของหน่วยงานในมหาวิทยาลัยขึ้น โดยกำหนดให้หน่วยงานหนึ่งสามารถจัดตั้งกองทุนได้เพียงหนึ่งกองทุนเท่านั้น คณะวิทยาศาสตร์จึงเสนอขอก่อตั้ง ”กองทุนคณะวิทยาศาสตร์” ขึ้น เมื่อวันที่ 1 กรกฎาคม 2534 (ซึ่งถือว่าเป็นวันก่อตั้งกองทุนคณะวิทยาศาสตร์) โดยรวมกองทุนต่าง ๆ เดิมของคณะฯ เป็นกองทุนย่อยอยู่ภายใต้กองทุนคณะวิทยาศาสตร์และมีคณะกรรมการบริหารกองทุนที่มีคณบดีคณะวิทยาศาสตร์เป็นประธานบริหาร ดำเนินการบริหารดอกผลของทุกกองทุน ให้เกิดประโยชน์ตามวัตถุประสงค์ของแต่ละกองทุน